Kilisenin mimarisi,bölgedeki diğer kiliselere göre farklıdır. İçerisinde gizli geçitler,mutfak,erzak depoları,tehlike anında sığındıkları mekânlar ve bu mekânlara giden gizli tüneller vardır.Kırmızı renkle boyanmış bazı geometrik şekiller dışında, pek fazla resim yoktur.Fırkatan Kilisesi'nin,Kapadokya Adliye Sarayı'na yakın olması sebebiyle bu yapıda yargıç veya o düzeylerde kişilerin oturduğu düşünülmektedir...