Çimenlik Kalesi etrafında ve kale içinde yer alan eserlerin ve tarihi eşyaların sergilenmesinden ve korunmasından sorumlu olan komutanlıktır.

Deniz Kuvvetleri Komutanlığı bünyesinde bulunmaktadır.Anıtkabir Müzesi gibi birinci sınıf askerî müze statüsünde olup,halka açıktır.Çanakkale Deniz Müzesi; Çanakkale il merkezinde 1915 Deniz ve Kara Savaşları’nın anlatımına yönelik bir bilgilendirme kompleksinin bulunmaması nedeniyle bu ihtiyacı karşılamaya yönelik çalışmalar sonucunda 18 Mart 1915 Deniz Zaferinin 67. yıl dönümünde açılmıştır. (18 Mart 1982 tarihinde)

Çanakkale Deniz Müzesi Komutanlığı muhtelif kısımlardan oluşmaktadır:

Nusret Mayın Gemisi

Çanakkale Savaşları İhtisas Kütüphanesi

Çimenlik Kalesi (Kale-i Sultaniye)

Hediyelik Eşya Binası

Resim ve Fotoğraf Galerisi