Aydınoğulları Beyliği'nin,Osmanlı İmparatorluğu idaresi altına girmesinden 150 yılı aşkın sene sonra,Aydınoğulları soyundan gelen Özdemiroğlu Molla Yakup Bey tarafından yaptırıldığı kabul edilmektedir.1006 (Hicri),1597/1598 (Milâdi) yılında yaptırılan,İzmir'in tarihi ve en büyük camisidir. Yapılan araştırmalarda caminin;1402 yılında Timur İmparatorluğu'nun kurucu lideri,Timur tarafından ele geçirildiği ve sonra da yıkıldığını belirten,İzmir İç Liman Kalesi'nin yıkıntıları üzerinde yaptırıldığı üzerinde durulmaktadır.Bu Liman Kalesi (Aşağı Kale,Hisar Kalesi,Ok Kalesi) 1231-1235 yılları arasında,iç limanın ağzında yaptırılmıştır.1671-1672 yılında,İzmir'e gelen Evliya Çelebi de hem Kadife Kale'nin hem de bu Hisar Kalesi'nin varlığını kaydetmiştir.Caminin adı da İç Liman Kalesi'nin aşağı kapısı önünde bulunduğundan ötürü,Hisar Camii olmuştur.Caminin mihrabı üçlüdür ve İtalyan etkilerini taşımaktadır.Bu özelliğiyle ender üç mihraplı camiler arasındadır.Bunun sebebinin ise caminin banilerinin,üç kişi olmasına bağlanmaktadır.

Bazı kaynaklarda da binanın üzerine yapıldığı bölgenin öncesinde,Lâtin Kilisesi olduğunu söylemektedir.Bir başka tez ise Molla Yakup adındaki başka bir kişiye ve 14. yüzyıla kadar cami varlığını geri götürmektedir.Arap gezgin İbn-i Batuta’ya göre de İzmir’de Şeyh Yakup diye birisinin varlığı 14. yüzyılın başında kesindir,ancak camiyle ilişkisi belli değildir.Camii,halen faal haldedir...