Müze binası,1894 yılında Belediye Hizmet Binası olarak yaptırılmıştır.Müze yapılması amacıyla,Kültür Bakanlığı'na tahsis edilen binada bakım-onarım faaliyetine 1983 yılında başlanılmış ve 1993 yılında tamamlanmıştır.Tarihi binanın müze olarak düzenlenmesi çalışmaları ise Aralık 1990 tarihinde başlatılmış ve 14 Ocak 1994 tarihinde ziyarete açılmıştır.

Bodrum üzerine iki kat olarak inşa edilen yapının,dört cephesinde kemerli pencereler yer almakta ve girişte dört sütûna oturan cumba bulunmaktadır.Üst katta arkeoloji ve etnografya seksiyonları,giriş katında ise tabiat sergisi bulunmaktadır...