Cizre Beyliği döneminde II. Han Şeref Bey tarafından,XIV. yüzyılda yaptırılmıştır.Cizre Akkoyunlular'ın eline 1475 yılında geçerken Cizre Emirleri sürgün edilmiştir.Emir Bedrettin oğlu II. Şeref (Hanşeref) Boti Aşireti ve çevre halkının yardımı ile1508 yılında Cizre’yi alırken duada bulunmuştur.” Yarabbi ben tekrar Cizre’yi alabilsem sana bir Camii inşa edeceğim”demiştir.Allah da bu duasını kabul buyurduğundan,Kırmızı Medrese’yi inşa ettirmiştir.Cizre Suru’nu bu yerden yardığından surun üzerine bina etmiştir.

Güneyinde Mescit ile altında Şeyh Ahmed El-Cezeri adlı meşhur müfessir,yazar,şairin türbesi ile Cizre emirlerine ait aile mezarlığı da vardır.Medresenin içi avlulu olup, doğusunda batısında ve kuzeyinde dershaneler,yemekhane ve öğretmen lojmanları bulunur.

Mihrabı beyaz taştan olup,2.82x3.78 ölçülerindedir.Mihrap köşegeni 55 derecedir.Mihrabın çevresini iç bükey üçgenler sıralı bir dizi ters U şeklinde sararak,altlarda da içe doğru döner.Mihrap boşluğu yarım daire plânlıdır.Mihrabın üstü basık ve tuğla kubbe ile örtülüdür.

Medresenin güneybatısında kare plânlı bir oda bulunur ki çok güzel motiflerle süslenmiştir.Bu oda profesör ve baş müderris odasıdır.Şair ve yazar Şeyh Ahmet El-Cezeri kullandığı gibi,Müftü Molla Zade’nin dedelerinden Şeyh İbrahim Sori de bu odada görev yaptığından burada gömülmüşlerdir.

Medrese,Cizre'ye özgü kırmızı tuğlalardan örüldüğü için Kırmızı Medrese,denilir.