Anadolu’da Osmanlı öncesi medreselerin,yani o devrin eğitim kurumlarının en büyüğü olma özelliğini de taşımaktadır.Kitabesi olmadığı için kimin tarafından yapıldığı veya yaptırıldığı tam olarak bilinmese de;Sultan Alâeddin Keykubat’ın kızı,Hüdavent Hatun veya İlhanlı Hükümdarı Keyhato’nun hanımı,Hand Hatun tarafından 13.yüzyılın sonlarında ya da 14.yüzyılın başlarında inşa ettirildiği görüşü hakimdir. 
Onun için adına Hatuniye Medresesi de denilmektedir.Bu iki katlı medrese tarihte ilme büyük katkılar sağlamış,nice kalem ehlinin ve bilim ehlinin yetişmesine sebep olmuştur.Anadolu Selçuklu mimari geleneğinde yapılan açık avlulu,dört eyvanlı ve iki katlı medreseler grubunda olan bu yapı,Osmanlı döneminde tophane;daha sonra da kışla olarak kullanılmıştır.Yapıda girişin batısındaki oda,mescit olarak değerlendirilmiş;talebe odaları avlunun etrafında yer almaktadır.Medresenin güney tarafında,ana eyvana bitişik olan türbe kısmının alt katında,mezar odası bulunur. Medresenin alt katındaki düzen,üst kata da uygulanmıştır. Medrese bezemeleriyle de dikkati çekmektedir...