1597 yılında Sultan III. Murad'ın eşi Safiye Sultan'ın emriyle temeli atılan ve 1665'te zamanın padişahı,IV. Mehmed'in annesi Turhan Hatice Sultan'ın büyük çabaları ve bağışlarıyla tamamlanıp ibadete açılan camidir.
Şehrin siluetine ve görselliğine önemli ölçüde katkı sağlayan Yeni Cami,İstanbul'da Osmanlı ailesi tarafından yaptırılan büyük camilerin son örneğidir.Osmanlı dönemi Türk mimarisinde yapımı en uzun sürede tamamlanabilen cami olarak bilinir.Mimar Davut Ağa tarafından yapılmaya başlanmış,Mimar Dalgıç Ahmed Ağa devam ettirmiş,ancak Safiye Sultan'ın ölümü ile yarım kalan inşaat, başlangıcından 66 yıl sonra dönemin mimarbaşısı Mustafa Ağa tarafından IV. Mehmed zamanında bitirilebilmiştir.
Cami deniz kenarına inşa edilmiştir,ancak denizle mesafesi sonradan denizin doldurulması sonucu artmıştır.
Caminin mimari üslubu,kubbedeki yükseklik vurgusu ve yan cephe revaklarıdır.Mimar Sinan'ın Şehzade Camii'nde ve Sedefkâr Mimar Mehmed Ağa'nın Sultanahmet Camii'nde kullandığı kubbe plânını tekrarlar.Ancak kubbenin piramidi andırır şekilde yükselmesi kendine has bir özelliktir.
Yeni Cami ile birlikte Valide Sultan Türbesi,Hünkâr Kasrı,sebil,çeşme,sıbyan mektebi,darülkurra,Mısır Çarşısı arastası inşa edilmiştir.Daha sonra külliyeye kütüphane,muvakkithane ve bir türbe ile çeşmeler de eklenmiştir.
Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından cami ve eklentilerinde günümüzde restorasyon çalışmaları yapılmaktadır...