Selçuklu Hükümdarları'ndan II. Kılıçarslan'ın kızı Gevher Nesibe Sultan tarafından vasiyet edilen ve ağabeyi I. Gıyaseddin Keyhüsrev tarafından,1206 yılında inşa ettirilen tıp bilimlerin öğretildiği medrese ve hastanedir.

Bazı kaynaklarda,tıp eğitimi ve sağlık hizmetini birlikte veren dünyanın ilk merkezi olduğu belirtilen medrese,Gevher Nesibe Sultan'ın vasiyeti üzerine başlanmıştır.

Gevher Nesibe Sultan saray baş sipahisine aşık olmuş ve ağabeyi l. Gıyaseddin Keyhüsrev evlenmelerine izin vermemiştir.l. Gıyaseddin Keyhüsrev,baş sipahiyi savaşa göndermiş ve savaşta ölmesine neden olmuştur.Bunun üzerine hastalanan Gevher Nesibe,ölmeden önce ağabeyine kendi adına insanların ücretsiz yararlanabileceği bir şifahane yaptırmasını vasiyet etmiştir.Duruma çok üzülen 1. Gıyaseddin Keyhüsrev,1204-1206 yılları arasında şifahaneyi,1210-1214 yılları arasında da tıphaneyi yaptırır.Tıp medresesi ve uygulama birimi olan hastane şeklinde yapılan bina,medrese ile birlikte 60 metre eninde ve 40 metre boyundadır.Tek kattan oluşur,3 büyük salon,bir büyük ve iki küçük eyvan ve 13 odadan ibarettir.Kış aylarında ısınması,merkezi ısıtma sistemi ile sağlanmıştır.

Şifahanesinde dahiliye,cerrahi,göz,akıl hastanesi ve ruh hastalıkları bölümlerinin yanı sıra eczane de bulunmaktaydı. Medresesinde Selçuklu hükümdarı Alâaddin Keykubat'ın sağlık nazırı,Ekmeleddin hocalık yapmıştır.Ünlü Türk hekimlerinden Ebubekir,Gazanferi,Ali Şinasi,Ebu Salim Ibni Kübra,Yakubi,Sucauddin Ali Bin Ebu Tahir,Seyit Samet Gevher Nesibe Medresesi'nde yetişmişler ve hocalık yapmışlardır.

Girişin üzerinde bulunan kitabede,"Kılıçaslan oğlu,dinin ve dünyanın koruyucusu,büyük sultan Keyhüsrev zamanında, zamanı daim olsun,Kılıçaslan’ın kızı,din ve dünyanın ismeti Melike Gevher Nesibe’nin vasiyeti olarak H.602 (1205) yılında yaptırılmıştır"yazmaktadır...