Anadolu Selçuklu mimarisinin en güzel örneklerinden biridir. Kesme taş mimarisi,olgun nispetleri,sade süslemeleri ve eyvan biçimli portaliyle oldukça ilgi çekicidir.Mimarisiyle ulu camileri andırır.

Derinliğine uzanan dikdörtgen plânlı,kesme taştan kalın duvarlı,kubbe ve tonozlarla örtülü,üç nefli yapı medrese ve mezar odasıyla kapalı bir külliye şeklindedir.Camii;Amasya Beylerbeyi,Emir Seyfeddin Torumtay tarafından 1266-1267 yıllarında yaptırılmıştır.Torumtay’ın türbesi caminin karşısında yer almaktadır.
Caminin uzun giriş bölümü,medrese olarak kullanılmıştır.Bu bölüme bitişik kuzeydoğudaki kümbet,mavi ve koyu yeşil renkte çinilerle süslendiği için Gök Medrese adını almıştır. Kümbet,cami gibi kesme taştan yapılmıştır.Kare plân üzerine,sekizgen yüksek kasnaklı,yıldız piramidal,tuğla bir külâhla örtülüdür. 

1926-1977 yılları arasında Amasya Müzesi olarak kullanılan cami,ecdat yadigârlarının en büyük koruyucusu 2. Abdülhamid tarafından onartılmıştır.Kapısında büyük hakanın onarım kitabesi bulunur.Ağaç işçiliğinin güzel bir örneği olan kapısıysa,günümüzde Amasya Müzesi’nde sergilenmektedir...