Roma dönemine ait bir pagan tapınağının üzerine,7. yüzyılda inşa edilmiştir.Türkiye Cumhuriyeti sınırları içindeki en eski camidir.Günümüzdeki cami Osmanlı döneminde yenilenmiştir,etrafı medrese odaları ile çevrilidir.Avlusunda 19.yy eseri bir şadırvan bulunur.

Camiye,büyük sivri sağır kemerli taç kapı ve ortasında kitabesi bulunan yuvarlak kemerli bir kapıdan girilir.Son cemaat mahaline bitişik,dikdörtgen kaideli,poligonal gövdeli ve ahşap şerefeli,pabuçlu bir minaresi vardır.Minarenin sağında Habib Neccar,solunda Yahya (Barnabas) ve Yunus (Pavlos) türbeleri vardır.

Antakya şehri,İslam Devleti'nin lideri Halife Ömer'in komutanlarından,Ebu Ubeyde Bin Cerrah tarafından 636 yılında fethedildiği dönemde,fethin simgesi olarak,Habib-i Neccar ve İsa'nın iki havarisinin mezarının bulunduğu yerde,bir cami inşa edilmişti.1098 yılında Haçlılar'ın eline geçen ve 1099'da Antakya Prensliği halini alan şehri,Memluk Sultanı Melik Zahir Baybars fethedince camiyi yeniden yaptırmıştır.Caminin medrese duvarlarında üzerinde Baybars'ın adı olan bir kitabe bulunur.Depremlerden zarar gören cami ve minaresi birçok kez yenilenmiştir...