Eski bir kilise olan cami,1850 yılında inşa edilmiştir.Ayvalık’ ın ilk kiliselerden biridir.Cumhuriyet döneminde camiye çevrilerek Hayrettin Paşa Camisi,ismini almıştır.Panayia ismi ortodoksların Meryem’e verdikleri bir isimdir. Zamanında dini nitelikte eğitim veren okulların kilisesidir. Düz bir zemin üzerine inşa edilmiş olan kilisenin genel toplam alanı 4000 metrekare,kilise binasının alanı ise 700 metrekaredir.Kentin en büyük taban alanına sahip kilisesidir. Kilisenin yüksekliği 18 metre,minaresinin yüksekliği ise 32 metredir.Zamanında bahçe içerisinde kilise papaz evleri ve iki eğitim binası yer almaktaydı.Günümüzde kilise cami olarak kullanılırken eğitim binaları ise ilköğretim okulu olarak kullanılmaktadır.9. y.y’ın ikinci yarısında yapılmış olan kilise daha sonra camiye çevrilmiştir.
Kilise üç nefli ve üç apsislidir.Kubbesiz olarak inşa edilmiş bazilika şeklindeki kilise,dikdörtgen plânlı uzun bir yapıdır. Kilisenin batı ve doğu cepheleri diğer cephelere nazaran daha geniştir.Kilisenin boyu 25.25 eni ise 15.80 metredir. Kilisede naos üç neflidir ve Orta nef daha geniştir.Nefler üç apsisle son bulunmaktadır.Ana apsis doğu cephesinde dışa yuvarlak çıkıntı yaparken yan apsislere göre daha büyüktür. Kilisenin ana mekânı yedişer taşıyıcı sütunla üç nefe ayrılmıştır.Sütun başlıkları kompozit düzendedir.Sütunların dışında yer alan on iki adet pano üzerinde yer alan dinsel resimler,kilisenin camiye çevrilmesi sonucu kapatılarak boyanmıştır.Orta nefin üzeri beşik,narteks ve yan nefler ise çapraz tonozla örtülüdür.Apsisler ise dışta yarım konik çatı, içte ise yarım kubbedir.Nartekse kilisenin doğusundan altı basamakla,avludan ise beş basamakla ulaşılmaktadır. Güney yönündeki basamaklar ise yapı camiye çevrildikten sonra,iptal edilerek caminin minaresi eklenmiştir.Narteksin üzeri düz ahşap tavandır.Narteks;kilisenin batısında sekiz, kuzey ve güney yönlerinde ise yedişer sütunla U şeklini oluşturmaktadır.Galeri iki katlı olan narteksin üst katta yer almakta ve kilisenin kuzeydoğusundaki merdivenlerle çıkılmaktadır.Kilise duvarları,düzgün kesme taştan yığma tekniği ile inşa edilmiştir.Merdivenler,pencere kemerleri ve söveleri de geleneksel sarımsak taşıdır.Kapı ve pencere parmaklıkları demirdendir.Kilise camiye çevrildiği için günümüzde ikonostasis duvarı yoktur.Camiye çevrilmeden önce hristiyanlığa ait dinsel konularla ilgili ikonaların yer aldığı panolar kilise camiye çevrildikten sonra ikonaların üzeri önce ince sıvayla daha sonra ise boya ile kapatılmıştır.Ayrıca mihrap eklenmiştir.Hayrettin Paşa Camisi ibadete açıktır...