569 yılında Süryaniler tarafından Mor Behnam ve kızkardeşi Saro adına inşa edilmiştir.12.y.y.'da Mardin'deki asıl Kırklar Kilisesi Cami'ye (Şehidiye Camii) dönüştürülünce,Mor Behnam Kilisesi Kırklar Kilisesi olarak isim değişikliğine uğramış ve halen bu isimle anılmaktadır.Kilise’de üç giriş kapılı ince taş işçiliği ile işlenmiş mihrapları,400 yıllık ahşap mihrap kapıları,1500 yıllık kök boya ile baskı perdeleri,geniş avlusu içinde çan kulesi evi ve adetâ dantel gibi işlenmiş taş oymacılığı örneklerinin yer aldığı divan mevcuttur.1170 yılında kırk şehitlere ait kemikler bu kiliseye getirilmiştir...

Kırkların öyküsü:3.y.y.'da Roma İmparatoru Dokios tarafından hristiyanlar üzerine büyük baskı uygulanıyordu. Kapadokya'da hristiyanlığı benimsemiş,yunan kökenli kırk asker İmparatora baskılar yüzünden isyan edince tutuklanırlar ve Sivas'a sürgün edilirler.Sivas'ın soğuğunda bir buz göletinin içine atılırlar.Gece yarısında gölün üzerinde parlak bir ışık belirir ve kırk asker birer taçla ödüllendirilirler. Sabaha karşı donarak yaşamlarını yitiren bu askerler, hristiyanlık dünyasında evrensel olarak şehit kabul edilmektedirler ve onlar adına değişik yerlerde kiliseler ve manastırlar inşa edilmeye başlanır.

Kırklar Kilisesi,bugün Mardin'de hem ziyarete hem ibadete açık olan birkaç kiliseden biridir.Aynı zamanda Metropolitlik Kilisesi'dir.Kilisenin papazı,Horiepiskopos Gabriyel Akyüz'dür.