M.Ö. 5. yüzyılda kurulan kent,Roma İmparatorluğu döneminde gelişmiş,M.Ö. 1. yüzyıl ile M.S. 5. yüzyıllar arasında,başta heykelcilik olmak üzere önemli bir sanat merkezi haline gelmiş,Afrodit tapınağıyla ve Afrodit adına yapılan törenlerle ün salmıştır.
Afrodisias Kenti,deprem kuşağındaki konumu nedeniyle, tarihi boyunca pek çok depremden şiddetle etkilenmiştir. Özellikle 4. yüzyıl ve 7. yüzyılda burada büyük depremler olduğu bilinmektedir.4. yüzyıl depremi ayrıca Afrodisias'ın bulunduğu mevkide su akış mecralarını da değiştirmiş, kentin bazı kısımlarını su baskınlarına maruz kalmaya müsait bir hale getirmiştir.Su baskınları sorununu çözümleme amaçlı ve aciliyet içinde inşa edildiği anlaşılan tahliye sisteminin kanıtları bugün de görülebilmektedir.7. yüzyıldaki depremden sonra Afrodisias bir daha hiçbir zaman tam olarak kendine gelememiş ve bakımsızlığa düşmüştür.Zamanla kalıntılar kısmen Geyre Köyü alanı ile örtülmüştür.20. yüzyıl başlarında Geyre Köyü'nün bir kısmı yine bir deprem nedeniyle boşalmış,boşaltılan alanın altındaki kalıntılar ortaya çıkmıştır.1960'larda Geyre,deprem olasılığı da düşünülerek bugünkü yerine taşınmış ve belde olmuştur.
Kent 7. yüzyıldan itibaren paganizm çağrışımlı Afrodisias ismini terkederek hristiyanlık etkisiyle Stavropolis (Haç Kenti) şeklinde adlandırılmıştır.Bizans İmparatorluğu döneminde bölge (antik çağ Karya'sına nazaran daha iç bölgede yer almasına rağmen) Karya olarak anılmaya başlamıştır.1260 yılından itibaren türklerin bölgede egemenlik kurması ile Karia ismi,Geyre olarak türkçeye yansımıştır.
Türkiye'nin en ünlü fotoğrafçısı Ara Güler'in tesadüfi biçimde bölgede kaybolması ile bulunmuştur.Ara Güler,köydeki insanların Aphrodisias'a ait sütun ve taşları,evlerinin ve işyerlerinin belli kısımlarında kullanıldığını görmüştür.Geri döndüğünde çektiği resimleri dönemin sanatçı-aydınlarına göstermiş ama kimse ilgilenmemiştir.Daha sonra bir ABD dergisine resimlerle birlikte yazıları göndermiş ve büyük ilgi görmüştür.Renkli resimler olursa 10 sayfa ayıracaklarını söylemeleri üzerine Ara Güler tekrar aynı yere gider. Resimleri çeker,yazısını yazar.Kendisinden daha detaylı yazılar istenince Kenan Erim ile görüşür ve yazılar yazılır. Kenan Bey hafriyatlar için gerekli izinleri alıp detaylı çalışmalara başlar.Aphrodisias'ta ilk kazılar 1904-1905 yıllarında Paul Gaudin tarafından yapılmıştır.New York Üniversitesi tarafından koordine edilen Afrodisias kazılarının başlangıcı,1961 yılından vefatına kadar tüm kariyerini buraya adayan Kenan Erim'e dayanmaktadırOxford Üniversitesi Lincoln Kürsüsü'nde Klasik Arkeoloji ve Sanat Profesörü olan Prof. R.R.R. Smith ile New York Üniversitesi Güzel Sanatlar Enstitüsü'nde Prof. Christopher Ratte'nin ortak yönetimi altında sürmektedir.Sur duvarlarından itibaren 1 km.'lik alan 1. Derece Sit Alanı ilan edilmiştir.Kalıntıların zenginliği nedeniyle kazıların başlangıcında inşa edilen Geyre Müzesi'nin yetersiz kalması nedeniyle yeni bir Afrodisias Müzesi'nin kurulması için çalışılmıştır.1 Haziran 2008'de Afrodisias antik kentinde müzeye ek olarak Sebasteion-Sevgi Gönül Salonu açılmıştır...