Eski bir Ermeni Kilisesi iken,mihrap üzerindeki kitabeye göre 1956 yılında camiye çevrilmiştir.Kaynaklara göre,hristiyanlık açısından büyük önem taşıyan ve Van bölgesindeki Varak Manastırı'nda bulunan “Varak Haçı” 1092 de Urfa’ya getirilerek bu kiliseye (Aziz Havariyun Kilisesi) konulmuştur.
Kilise,camiye çevrilirken güneydeki pencerelerden biri mihrap haline getirilmiş ve güney duvarın ortasında bulunan yarım sütûnun önüne taş minber yapılmıştır.
Kilise,1956 yılında camiye çevrilmeden önce bir süre cezaevi olarak da kullanılmıştır...